La terza puntata inizia con Don Matteo che incontra in chiesa Elisa, una donna che viene continuamente picchiata dal marito. Durante la notte, la donne fugge di casa e chiede riparo a Don Matteo: quello che si vede nella scena successivo è il marito accoltellato alla schiena.

Dal maresciallo Cecchini intanto arriva la figlia Assuntina che dice al padre che non vuole più studiare: “La facoltà di Legge non è la mia strada, io voglio lavorare”. “Voglio che ti prendi la laurea”, insiste Nino ma la figlia proprio non ne vuole sapere…

Elisa giura di non essere stata lei ad uccidere il marito ma lo stesso viene posta in stato di fermo. Invece in casa Cecchini il maresciallo continua a fare ostruzionismo alla figlia, chiedendole di pagare la colazione e la cena. Ma quando stanno per iniziare a mangiare in casa arriva Daniele. Lia riesce a dirgli della gravidanza, ma anche se il maresciallo insiste i due non ne vogliono sapere di sposarsi.

Intanto al campo volo da Tomas va a lavorare Sabrina, una ragazza che Don Matteo ha conosciuto nelle scorse puntata e che sta scontando una pena in carcere. Daniele invece ha promesso a Lia che manterrà il bambino ma non ha intenzione di rimane a Spoleto. Giulio prova a convinverlo a restare ma lui comunque prepara le valigie e va via.

Cecchini ha trovato un lavoro alla figlia in un bar: spera che pulendo i bagni e passando lo straccio per terra, si convinca che lavorare non faccia per lei e che riprenda a studiare. Ma per il momento, la ragazza non molla (anche se il padre sta mettendo “sul conto” anche le notti che passa in casa…).

Tomas continua a ricevere delle chiamate dall’usuraio che gli ha dato i soldi che gli servivano per pagare le tasse arrestate e quando Sabrina gli chiede delle informazioni su alcune fatture lui reagisce in modo piuttosto brusco.

Elisa è stata scagionata ma chiede a Don Matteo di restare ancora con lui, il prete preferirebbe mandarla dalle suore e lei lo bacia sulla bocca. Don Matteo si ritrae con forza ma a guardare la scena è il capitano Tommasi. La donna alla fine viene accompagnata in convento e Suor Maria si accorge del turbamento di Don Matteo: “Forse ho fatto qualcosa che l’ha incoraggiata”.  La suora lo rincuora: “Lei ha dato un po’ di comprensione a una donna che non l’ha mai avuta”.

Lia, dopo una serata passata in discoteca in compagnia di Assuntina, si confida con lei: “Io questo bambino vorrei che non esistesse…”.

Nel frattempo le indagini sull’omicidio di Siani continuano e il capitano riceve una lettera anonima dove qualcuno allude a una relazione tra Don Matteo ed Elisa. Il capitano li convoca entrambi, confidando loro anche si aver assistito a quel bacio, ma entrambi negano che ci possa essere tra loro una relazione.

Il maresciallo finalmente ha un confronto serio con la figlia: Assuntina gli dice che lei non è Patrizia e che non potrà essere come lei. “Sono stanca di pensare cosa avrebbe fatto Patrizia al mio posto, vorrei sapere cosa voglio dalla mia vita” confessa Assuntina al padre che l’abbraccia.

Don Matteo, tornando sulla scena del crimine con il maresciallo, capisce che Elisa ha alterato la scena del crimine accendendo il riscaldamento nonostante sia estate, in modo da avere un alibi. Il prete quindi decide di affrontarla: “Io l’ho fatto per essere libera, libera di stare con te ma anche tu mi hai rifiutata, la mia vita adesso è niente”.

A cena Lia riceve una telefonata da Daniele: “Io voglio stare qui con te e con lui. Ho sbagliato e ti chiedo scusa, ammetto di aver avuto paura ma ci voglio riprovare”. I due quindi si baciano.

Il secondo episodio si apre con un temporale. Il capitano trova sulla statale una macchina ferma. La donna alla guida però si mette a urlare quando lui le bussa sul finestrino e gli dà una sportellata! L’indomani scopre che la donna è Margherita, la fidanzata del pm Ferri, che pare abbia mentito a Gualtiero sia su dove si trovare la sera prima che sulla “aggressione”. Nel frattempo qualcuno è stato ucciso dentro un bar tabacchi che ha all’interno una serie di slot machine.

Margherita poi confessa al maresciallo e al capitano che vorrebbe scrivere libri per bambini ma ancora non ha detto al fidanzato della sua passione e gli ha nascosto la sua andata a Roma dall’editore. Mail pm continua a insistere sulla storia del maniaco e fa fare alla compagna l’identikit del suo aggressore che ovviamente coincide con Tommasi… Giulio allora cerca aiuto con lo sguardo, lei dalla finestra scorge Pippo e decide di cambiare versione… Quando il pm mostra al maresciallo il disegno che ritrae Pippo per poco Cecchini non si fa scoprire!

“Ma tanto Pippo sta sempre in canonica…”, le ultime parole famose! Pippo ovviamente si presenta in caserma e il pm lo vede: “Io ti sbatto in galera e tu non esci mai più!”, gli dice Ferri. Il povero Pippo inizia a essere interrogato senza nemmeno capire il perché... Ma il pm insiste, vuole anche vedere i video delle telecamere vicino a dove la sua fidanzata è stata “aggredita”. E chi stava passeggiando fuori dalla redazione del giornale dove lavora Margherita? Il povero Pippo, ovviamente…

Giulio cerca di convincere la donna a dire la verità al fidanzato, ma appena lo vede lei gli dice che l’aggressore indossava una felpa nera con la scritta bianca! Il capitano si rilassa pensando che tanto lui l’ha buttata senza sapere che il maresciallo gliela sta facendo sistemare da Natalina.

Pippo ovviamente si presenta in caserma con un pacchetto per il capitano ma per fortuna si confonde e scambia i due sacchetti che gli aveva dato Natalina… il pm scopre quindi una giacca leopardata!

Dopo Margherita va in canonica a scusarsi con Pippo proprio mentre il pm vede i video delle telecamere. Quando il pm arriva in canonica aggredisce Pippo e Margherita finalmente dice la verità al fidanzato. Ferri perdona le sue bugie ma ovviamente non quello del capitano, che però si prende un bacio da parte della bella Margherita!